Punajuuren taimien alkukehitys on hidasta. Sen naatti ei kehity peittäväksi kuten sokerijuurikkaan, vaan lajikkeesta riippuen voi olla hyvinkin vaatimaton (esimerkiksi Pablo). Punajuurikkaalla rikkakasvintorjunnassa onnistuminen on satotuloksen kannalta vielä ratkaisevampaa kuin sokerijuurikkaalla. Punajuuren peltoviljelyssä rikkakasvit torjutaan kasvukauden alkupuolella yleensä kemiallisesti ja torjuntaa täydennetään kasvun edetessä harauksin siihen asti kuin se on mahdollista kasvuston sulkeutumisen vuoksi.
Tulevaisuudessa herbisidivalikoima todennäköisesti tulee kapenemaan ja tukijärjestelmät suosivat mekaanista torjuntaa. Alkukesästä kemiallinen torjunta ja/tai liekitykset ja kylvön ajoitus tulevat kysymykseen, jos pyritään vähentämään herbisidikuormaa. Punajuurikas kestää useimpia sokerijuurikkaalle hyväksyttyjä rikkakasvin torjunta-aineita, mutta on kuitenkin esimerkiksi sokerijuurikasta arempi polttovioituksille.
Punajuuren siemenrikkakasvien torjuntaan on nykyisin hyväksytty useat sokerijuurikkaallekin hyväksytyt tehoaineet. Punajuurikkaalla kannattaa yleensä käyttää kahden ruiskutuksen ohjelmaa, joka on punajuurikkaalle hellävaraisempi ja rikkakasveja vastaan tehokkaampi kuin kertaruiskutus. Kahta useampaa ruiskutuskertaa ei punajuurikkaalla suositella lyhyehkön kasvuajan ja jäämäriskin takia, vaikka orvokit ja tattaret kestävät punajuuren kemiallista torjuntaa.
Punajuurikkaan ensimmäinen rikkakasviruiskutus tehdään, kun rikkakasvit ovat sirkkalehtiasteella tai viimeistään, kun rikkakasvien kasvulehdet ovat juuri näkyvissä. Toinen ruiskutus tehdään, kun uudet rikkakasvit ovat taas samalla kehitysasteella.
Tarkastele sopivia torjunta-aineita Tukesin sivuilta https://www.kemidigi.fi/kirjaudu
Aiemmassa tämän IPM-oppaan versiossa 1.0. oli suorat linkit Kasvinsuojeluainerekisteriin asianomaisen torjunta-ainevalmisteen käyttöselosteeseen. Linkeistä on nyt luovuttu, koska meillä jäi yli 500 linkkiä ”vanhoiksi”, kun Tukesin sivuja uudistettiin.