Herneen juuristossa elävät, ilmasta typpeä sitovat nystyräbakteerit syntyvät ja toimivat täysitehoisesti vain ilmavassa, hyvärakenteisessa maassa, jonka pH on yli 6,5. Jos maan magnesiumluku on alle 100, kannattaa tarvittavat kalkitukset tehdä dolomiittikalkilla. Happamassa maassa herne kasvaa heikosti, muuttuu väriltään kellertäväksi, tuleentuu ennenaikaisesti ja antaa heikon sadon.
Lannoituksen lähtökohtana on kasvin maasta ottama ravinnemäärä sekä pellon viljavuusarvot. 4,5 tonnin hernesato ja 27 tonnin varsisato ottaa typpeä 106 kg, fosforia 34 kg ja kalia 78 kg. Maan kasvukunnon vaikutus herneen satoon on yleensä suurempi kuin viljelyvuonna annetun lannoituksen.
Jos karjanlantaa käytetään, se on annettava mielellään jo esikasville. Pakasteherneelle sitä ei saa käyttää.
Herne pystyy normaaliolosuhteissa sitomaan tarvitsemansa typpimäärän juurinystyröittensä avulla. Keväällä annettavan typpilannoituksen tarkoituksena on turvata kasvin typen saanti kasvukauden alussa. Liiallinen typpilannoitus aiheuttaa kasvuston ylirehevöitymisen ja sen seurauksena erityisesti sateisina kesinä hernesadon määrän ja laadun alenemisen. Ylirehevässä kasvustossa kasvitaudit leviävät, puinti vaikeutuu ja puintitappiot lisääntyvät.
Suositeltu typpimäärä on 0–35 kg/ha maalajista, maan multavuudesta ja esikasvista riippuen. Esimerkiksi sokerijuurikkaan jälkeen typpilannoitusta ei anneta lainkaan, jos naatti on kynnetty maahan. Savi- ja hiesumailla typpeä käytetään eniten, karkeilla kivennäismailla keskimääräisesti ja vähiten eloperäisillä mailla. Maan multavuuden noustessa typpilannoitustarve pienenee. Jos lohko on vähämultainen–multava, multavuuteen perustuvaa typpivähennystä ei ole tarpeen tehdä. Jos peltoon kylvetään ensi kerran hernettä, on typpilannoitus silloin mitoitettava yläkanttiin, koska typensitoja-bakteerien kanta maassa on vielä niukka. Siemenen ymppäys typpibakteerilla varmistaa typensidonnan tällaisilla pelloilla.
Herneen kalintarve on suuri. Kali jouduttaa herneen kehitystä ja lisää kestävyyttä kasvitauteja sekä epäedullisia sääolosuhteita vastaan. Kaliumia tarvitaan vesitalouden säätelyyn ja yhteyttämistuotteiden kuljettamiseen kasvissa. Kaliumin puutteessa kasvi lakastuu kuumalla ilmalla helposti. Riittävä kaliumin saanti on tärkeä myös kylmänkestävyyden kannalta. Rikki on tärkeä valkuaiskasveille kuten herneelle ja muille palkokasveille. Kloorivapaiden lannoitteiden käyttö varmistaa rikin saantia. Herne on kloorinarka viljelykasvi, mutta pienten lannoitusmäärien takia klooria sisältävien peltolannoitteiden käytöstä ei yleensä esiinny haittaa. Fosfori on tärkeä ravintoaine typpeä sitoville juurinystyräbakteereille.
Herneen lannoituksessa on hyvä lähteä alkuun tarvittavasta typpimäärästä. Sen perusteella katsotaan, löytyykö sellaista Y-lannosta, joka antaa riaina ole lopputuloksen kannalta paras.ittävän määrän myös kalia. Tarvittaessa on puuttuva kali täydennettävä erillisellä lannoitteella. Kannattaa muistaa, että halvin lannoitusvaihtoehto ei aina ole lopputuloksen kannalta paras.